Lo más sencillo es usar las funciones serialize() y unserialize() para empaquetar (y desempaquetar) el array antes (y después) de almacenarle. Después de empaquetarlo utilizas la funcion setcookie() y ya lo tienes.
A lo mejor te hace falta codificar la información para hacerla menos 'transparente' a ojos inadecuados. Ciao
