En cuanto a si se puede crear carpetas es correcto
http://msdn.microsoft.com/library/de...temObjectM.asp aqui encontrarás una referencia del filesystemobject.
En cuanto al diseño de la base de datos lo correcto sería 1 sola, puesto que crear tablas y tablas, te imaginas cuantas tablas tendrías más de 2000 Usuarios ??? ahora bien, que pasaría cuando tuvieras q extraer reportes de los usuarios, tendrías que iterar tabla por tabla, más aparte llevar el control