Por cierto .. ya has visto soluciones como esta (para la parte HTML):
http://www.ioncube.com/html_encoder.php
Es gratuito de licencia y el código "javascript" lo genera con PHP.
Eso sí .. a su vez el código PHP que genera ese "javascript" está "encriptado" con su própio sistema (de ioncube .. su producto: PHP Encoder creo .. y esto no es gratuito).
Más o menos eso es lo que tendrías que diseñar para completar el tema de la encriptación tanto a nivel de "cliente como de servidor".
Suerte!!!
Un saludo,