Tu sistema "modular" se basa en cierta variable para indicar el "mòdulo" en que estas .. la cual tiene que ir propagada en el URL .. En tus links de paginaciòn NO la incluyes:
Código PHP:
print ("<A HREF='$PHP_SELF?comienzo=" . ($comienzo + $num) . "'>Siguiente</A> ]\n");
NO sè que variable usaras .. pero esa debe ir en todos tus links de paginado además de la que usas para el control del paginado en sí (esa "comienzo") ...
(PD: Podrias ser tan explicito en tu exposición del tema como en el tìtulo de tu pregunta .. Tenlo presente para otra vez, esta vez ya lo modifiqué yo por tu bien).
Un saludo,