Hola broder... mira, un checkbox cuando esta activado tiene un valor de "
on", puedes usar esa catacteristica como base... puedes enviar los datos del formulario a otro script (PHP) que haga la verificacion de los datos del form (valga la redundancia) y ver si ha sido activado algun checkbox... si esta activado el checkbox guardas en la BD en el campo especificado el valor "on" (si asi lo quieres) y si no, le pones (off).
Para cuando en tu script veas que datos checkboxes son activos y cuales no, solo haces una consulta que te extraiga todos los datos del formulario y compruebas cual es su valor.. algo asi: