tenes varias classes como por ejemplo phpmailer y alguna otra que no recuerdo en este momento, el tema de si llegan como no deseado no creo que lo puedas solucionar ya que la mayoria de los filtros antispam lo primero que hacen es reconocer el remitente y chequear si es un contacto registrado...
yo uso este formato de cabeceras pero igulamente a veces llega a no deseado, sobre todo en hotmail...
Código:
$head="Content-type: text/html\n";
$head .="FROM:remitente<[email protected]>\n";
$head .="Reply-To: <".$mail.">\r\n";
$head .="Cc:".$email."\r\n";
$head .="Bcc:".$mail."\r\n";
fijate que le agregue el reply to y el mail en from, con eso consegui una mejora importante en los filtros, ya que identificas el correo.
Mira si te sirve, sino proba con alguna clase, como te mencione arriba.