Primero, vamos por una regla simple....
Win98 = FAT16 o 32
XP = NTFS
Conclusión: Win98 no ve NTFS ( sin algún programita ^^ ) y Winxp ve FAT.
Ahora te sugiero que hagas lo siguiente que compartas una carpeta de algún WIN98 y desde XP conectes dicha unidad de red ( Abrís un explorador, herramientas, conectar unidad de red \\PC3\CARPETA COMPARTIDA ) fíjate si te toma eso; Esto te va a permitir pasar archivos de XP a WIN98, te estarás preguntando: ¿ Pero como paso o veo alguna unidad de XP desde un WIN98 ?
Bueno a esta pregunta jamás encontré una respuesta, pero proba instalando algún NTFSPRO
http://www.sysinternals.com/files/NTFSProR.exe http://www.sysinternals.com/files/ntfs30r.zip
Proba alguno y coméntanos.