El problema de rendimiento (de las instancias .. no de que los scripts se ejecutan más rápido o no) lo mejorarías si usas PHP como "módulo" (no como CGI) .. es decir como "ISAPI" que llama PHP.
Esta configuración/tipo instalación es más típica en Apache ("como módulo") .. pero igualmente creo que se puede implementar en IIS.
Un tutorial que salió de google al respecto:
http://www.visualwin.com/PHP-ISAPI/
Un saludo,