la extension .php indica al servidor que existe código de php que hay que tratar, por lo tanto cada que el servidor detecte la extension .php analizará la página para procesar el código php que encuentre, de no encontrarlo devolverá la pagina como html, recuerda que las páginas mostradas en el navegador del cliente siempre serán html y aun conteniendo código php el resultado siempre es html.
Cita: ¿Hay inconvenientes en cuanto a funcionamiento o tiempo de respuesta?
si hay(aunque lo mas probable es que no te des cuenta) a menos que el servidor sea lento.
espero haberme explicado(no soy bueno para dar explicaciones pero hago el intento
)
si algo no entendiste, pregunta e intento de nuevo
saludos.