Sí, puedes usar str_replace().
Por ejemplo
Código PHP:
$txt = "Texto
con
saltos";
$txt = str_replace("\n","",nl2br($txt));
// Ahora $txt vale 'Texto<br />con<br /><br />saltos'
Aunque tal vez sea una tontería pudiendo usar directamente str_replace("\n", "<br />", $txt)