Una cosa es el "sistema de reglas de mensajes" que lo tienes en Outlook. Tiene asistente para crearlas. Entras por:
Menú Herramientas -> Asistente para Reglas
Luego es cosa de ver que deseas hacer. Outlook no está diseñado para "separar" por completo las cuentas de e-mail pero como comentabamos .. a fuerza de reglas de correo del tipo que se necesiten lo pudes "simular".
La "regla de correo" no es más que una "acción" a realizar cuando suceda un "evento" .. Por ejemplo .. que un e-mail llegue por tal cuenta .. ahí que lo mueva a tal carpeta que crees en Outlook.
Tienes infinidad de tutoriales en internet sobre el tema (sólo te hacía falta la palabra "clave" para buscarlos: reglas de mensajes).
Un saludo,