Tienes que editar tu my.cfg (lo tendrás por /etc supongo en tu distribución de linux).
La documentación oficial al respecto:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/...ne-tuning.html
recuerda reiniciar tu servidor Msyql cuando realicese el cambio:
service mysqld restart
(.. o algo así será)
Un saludo,