Bueno, en algún lado almacenarás la cantidad de productos y el id de cada producto correspondiente a la compra, no?
Haz la select correspondiente, recórrela con un bucle y q vaya haciendo los updates dentro del bucle...
Código PHP:
$sql=mysql_query ("SELECT idproducto,unidades FROM tabla_en_la_que_registres_los_detalles_de_la_compra WHERE idfactura=$idfactura"); //Esto es un pekeño ejemplo... segun lo tengas tu distribuido tendras q tomarlo de una forma u otra
while ($row=mysql_fetch_row ($sql)) {
$idprod=$row[0];
$cantidad=$row[1];
$sql2=mysql_query ("UPDATE productos SET stock=stock-$cantidad WHERE idproducto=$idprod");
}
Espero q con eso te baste para orientarte.
Saludos.