Si tienes la versión 2.0.18 o superior, puedes bajarte las modificaciones a realizar, se hacen igual que un mod (yo no uso easymod sino que las hago a mano... me fío más si lo hago así
):
Actualizacion 2.0.18 a 2.0.19
http://prdownloads.sourceforge.net/p...odechanges.zip
Actualizacion 2.0.19 a 2.0.20
http://prdownloads.sourceforge.net/p...odechanges.zip
Actualizacion 2.0.20 a 2.0.21
http://prdownloads.sourceforge.net/p...odechanges.zip
(No están ya disponibles para versiones anteriores, aunque quizá si buscas bien las encuentres)
Simplemente las vas aplicando por orden: modificas los archivos, y ejecutas el update_to_latest.php, así con cada una. Los mods no deberían perderse
(yo lo llevo haciendo así desde la versión 2.0.4)
El problema de los mods puede deberse a que queden registros en la base de datos. Revisala a ver si hay alguna tabla del easymod y probablemente con eliminar los registros de los mods ya te deje instalarlos
