Si no guardan ninguna relación ambas tablas .. simplemente:
SELECT * FROM noticias,novedades WHERE noticias.titulo LIKE '%$busqueda%' OR noticias.titulo like '%$busqueda%' OR novedades.titulo like '%$busqueda%' BY noticias.id desc";
El caso es meter en el "from" las tablas implicadas y hacer referencia a estas por nombre_tabla.campo
Te recomiendo ver algún tutorial sobre SQL como los que puedes ver en:
www.mysql-hispano.com
Un saludo,