Claro que se puede pero te refieres a local o remotamente?
Si es remotamente, el procedimiento normal de localizar la carpeta, compartirla e indicar cuales usuarios van a tener acceso a la misma y eliminar que todos la puedan ver.
Si lo que queres es proteger algunas carpetas de forma local, lo haces dando el boton derecho del mouse sobre la carpeta y te vas a la parte de seguridad y ahi quitas a todos y agregar a la persona que solo lo va a utilizar.
Saludos.
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