antes de leer tu solucion de poner subdominios, me imagine que la solucion iba por ese lado, me imagine contestarte "contrata otro dominio para el otro idioma", pero creando subdominios eliminarias el inconveniente.
Pero ahora que leo ambas soluciones, se me ocurrio que tambien podría implementarse el mod_rewrite de apache (si usas apache y tienes acceso a modificar el servidor) para reescribir la url, asi al entrar que la pagina index redirija a otra url con la web, pero pasandole un parametro con el idioma (posiblemente detectado por las cabeceras del browser).
Mi idea es que cuando el usuario entre a:
tuweb.com
redirija a
www.tuweb.com/es alias de
www.tuweb.com/index.php?idioma=es
o
www.tuweb.com/en alias de
www.tuweb.com/index.php?idioma=en
pero que en realidad tanto es como en no son subcarpetas sino el mismo index don el parametro de idioma reescrito por apache y pasado a php por GET.