tienes toda la razón pero lo importante es que el código Javascript
no sea intrusivo como dices no se vera tan atractiva pero tu contenido seguira siendo accesible además tanto no todos los navegadores implemente
CSS 3 creo que es la mejor opción por que la otra es colocar XHTML no semántico.
aquí hay otro método
Nifty Corners Cube (este enlace es la traducción en español por railes.net).
Saludos