Esa pregunta es muy fácil y a la vez muy difícil...
La fácil:
Usa sistemas unix-like (Gnu/Linux, xBSD, ...)
O si decides seguir usando W$, pasaté a una versión que acepte NTFS y control de usuarios, aunque no sea excesivamente bueno
La difícil:
Si existe posibilidad de acceder se accederá! Si al equipo se tiene acceso físico da igual lo que hagas (siempre hay opciones radicales como criptar el disco duro) siempre accederán a tú equipo de forma fácil.
Si el equipo está conectado a una red. La seguridad que ofrecen los W$ es casi nula. Así que poco podrás hacer
Un saludo
PS: La respuesta como ves es muy difusa y poco especifica. Si quieres que concretemos un poco más tienes que hacer las preguntas más detalladas. Muuucho más detallas