Cuando uno desinstala algún programa, en teoría debería eliminar todas las claves de registro, pero en la práctica no es así, siempre quedan entradas obsoletas en el registro y muchas veces ocasionan problemas como los que mencionas. Para ello puedes desinstalar el programa y luego eliminar las claves de registro manualmente como ya te lo ha mencionado maherran o usar programas que limpian el registro automáticamente como
Regseeker.
En
este enlace puedes encontrar una explicación mas amplia de lo que hace un limpiador de registro.
Saludos