Hola,
Dependiendo de como insertas tu flash, debes darle la propiedad WMode="transparent", (esto está en las FAQ del foro de CSS).
Ejemplo: tienes una película llamada "tupelicula.swf"
Código HTML:
<object type="application/x-shockwave-flash" data="tupelicula.swf" width="500" height="200">
<param name="movie" value="tupelicula.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="WMode" value="transparent" />
<param name="Menu" value="0" />
<img src="imagenalterna.php" alt=""/>
</object>
si usas SWFobject
Código HTML:
<div id="flashcontent"><img src="imagenalterna.php" alt="" width="500" height="200" /></div>
<script type="text/javascript">
// <![CDATA[
var so = new SWFObject("tupelicula.swf", "Tupelicula", "500", "200", "7", "");
so.addParam("quality", "high");
so.addParam("wmode", "transparent");
so.addParam("menu", "0");
so.write("flashcontent");
// ]]>
</script> Saludos