Hola "djanual", mira lo que tienes que hacer es utilizar un SCRIPT, te explico, tu animacion o la publicidad la tienes que poner en un LAYER o CAPA, es decir de la siguiente manera:
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<div id="anuncio">ACA PONER TU ANUNCIO</div>
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luego, antes que cierres el HEAD, pones el siguiente SCRIPT:
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<script language="javascript">
function CheckClose(){
document.all("anuncio").style.visibility="hidden";
}
setTimeout("CheckClose();",13000);
</script>
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el numero 13000 indica el tiempo que va a estar antes de desaparecer, en el ejemplo dura 13 segundos antes de cerrarse, si quieres que dure 5 segundos, modificas el 13000 a 5000
Espero que te sea de ayuda
Saludos