Hola!!
Bueno, creo que se por donde puede estar el fallo, porque a mi me paso lo mismo o al menos algo parecido.
Si tu en el IE 6.0 pones o tienes como página predeterminada una dirección local, por ejemplo: "C:\web\default.htm", las variables de sessión se pierden cuando abres otra ventana, curioso ¿verdad?.
Pues bien, si tu caso es algo parecido se soluciona muy facilmente, sólo tienes que poner tu aplicación en un servidor web, de esta forma tendrías una dirección como "http://servidor/default.htm" y ahora funcionaría perfectamente.
Saludos.
