Hola:
Pasar un array de php a javascript no debería ser muy problemático...
Un array php:
$colores = array();
$colores[0] = "red";
$colores[1] = "blue";
echo <<< intro
var colores = new Array();
intro;
foreach($colores as $color => $cual) echo <<< item
colores[$color] = "$cual";
item;
Lo puse más o menos a ojo, pero también pueden ser arrays asociativos (tanto en php como en javascript)
También puedes poner contenidos php en capas ocultas y con javascript, tan solo mostrar la capa adecuada.
Saludos