bueno, ya no hay mucho pero al particionar el disco duro, en unidades mas pequeñas, se tiene ma rapides y orden que es lo mas importante, ademas tener una particion que solo contega el os hace que corra un poco mas rapido.
el tener el os y los programas de tu documentos, puedes formatear e instalar el os sin preocupacion ya que tu archivos estaran en otra particion que no toca el instalacion del os.
ademas al particionar puedes tener distintos os en cada particion, como casi todos tiene linux y windows sin ningun problema
la particion es una division logica del disco duro
bueno aca hay una esplicacion de esto
http://es.wikipedia.org/wiki/Partici%C3%B3n_de_disco