La sentencia "while()" es un tipo de bucle más . .como pueda ser for() .. foreach() y otras más.
Tu lo que necesitas es "generar" (no imprimir) tu código HTML/Javascript (no "JAVA"!) según tu bucle relalice una iteracción:
Código PHP:
<?
// conecta a tu BBDD . .etc .. lógica consulta PHP a tu BBDD.
?>
<SCRIPT type="text/javascript">
<!--
SLIDES = new slideshow("SLIDES");
<?
while ($row=mysql_fetch_array($resultado)){
?>
SLIDES.add_slide(s = new slide('<? echo "jpg/".$row['imagen'] ?>'));
s.filter = 'progid:DXImageTransform.Microsoft.Fade()';
<?
}
?>
//-->
</SCRIPT>
No sé que guardas de tu "imagen" en tu BBDD .. no sé si el nombre sólo o con ruta? .. en cualquier caso la técnica es la que te presento.
Un saludo,