Güenas a todos,
Si entiendo lo que creo que estoy entendiendo, y es el problema que yo tuve hace cosa de un mes, la solucion es hacerlo de esta manera:
//guardas en la variable $archivo la ruta completa, con las variables necesarias por get
$archivo="ruta_absoluta/archivo.php?id=$id";
//luego lo lees con la siguiente funcion:
$msj=file_get_contents($archivo);
// de esta forma ya has "traducido " el php en html y lo puedes enviar tranquilamente por email
espero que sea eso lo que estabais preguntando