Tengo entendido que es posible configurar MySQL para que admita palabras de menos de 4 letras en las búsquedas FULLTEXT, aunque puede que sea complicado. Léete detenidamente esto:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...xt-search.html
Por otro lado, si estás trabajando con un lenguaje de programación por enmedio, quizás te podrías montar truquillos varios. Por ejemplo, si te encuentras con que tienes que grabar un nombre como Pío (tengo poca imaginación), para que luego puedas buscar podrías añadirle caracteres raros en los extremos. Por ejemplo podrías grabar @Pío@. Luego, en el momento de consultar, deberías poner de nuevo los caracteres raros cuando se entraran nombres/apellidos de menos de 4 letras. Ya te digo que requiere programación, pero si estás programando algo contra MySQL seguro que te da buen resultado.
Un saludo.