No es lo mismo, hay detalles: distintas formas de trabajo, aunque en general hay compatibilidad para atrás. En mi experiencia, lo que más a fallado ha sido:
- que en versiones anteriores accedes directamente a las variables que pasas por la URL y en PHP5 debes hacerlo con los arrays correspondientes ($_GET, $_POST o $_REQUEST).
- que estés acostumbrado a usar variables globales y que en PHP5 están deshabilitadas
- que tus objetos asuman que siempre son por valor y que cuando cambies a PHP5 todos son por referencia, lo cual si no esperabas que estos cambiaran, ahora lo harán.
Generalmente he visto que muchos sistemas fallan al migrar por estos puntos.