Hola
webrek!
No estoy muy seguro pero yo creo si sustituyes esa sentencia sql por esta podría tomar menos tiempo de procesamiento, debido a que no te devuelve toda la información obtenida sino solamente el número de filas usando la función count:
Código PHP:
$sql_filtro="SELECT COUNT(*) nFilas
FROM control1 WHERE MATCH (contenido) AGAINST ('$q')";
Sería cuestión de revisar los tiempos.
Un saludo!