Pues antes que nada deberías tener un separador de registros, ideal si usás saltos de línea porque podrías cargar todo el archivo en una matriz con file()
Si no separás los registros, al menos con otra /, será imposible...
Podrías tomar 2 puntos, y a partir del 3º caracter del último punto.... pero considerá también que hay dominios con más puntos cuya última parte tiene 2 caracteres (ej
www.cei.fing.edu.uy) que no cumplen esa regla.
Saludos.