A que te refieres con "validar"?
Tienes un sistema de autentificación en tu web y quieres tomar los usuarios creados en tu S.O. Linux?
Si es eso .. lo más "sano" es que uses un servidor LDAP que para eso están. PHP tiene funciones para conectarse a un servidor LDAP y tu S.O. linux también puede autentificarse contra usuarios de LDAP (y hata máquinas windows también), servidores de correo, de ftp .. y de otros servicios que usen "usuarios" pueden autentificarse contra LDAP. Así unificas todo sistema de usuarios de cualquier sistema.
www.php.net/ldap
(Pero antes debes instalar tu servidor LDAP si no lo tienes ya funcionando y migrar tus usuarios de tu sistema a LDAP o replicarlos?)
Desde PHP en sí no puedes y NO DEBES acceder a un archivo físico del servidor y menos de esa características. Expones la seguridad en extremo e inecesariamente.
Un saludo,