Lo más sano es que cambies tu sistema de autentificación en Samba, S.O. de tu servidor y de tu aplicación de la "intranet".
Usa "LDAP" para todo .. ese tipo de servidores está diseñado para tal fin: unificar cuentas de usuarios. PHP se puede conectar a un servidor LDAP sin problemas (
www.php.net/ldap) y lo mismo tu podrás configurar Samba para que use LDAP y lo mismo con los usuarios de tu S.O.
Un saludo,