En el cron puedes indicarle cada cuanto quieres que se ejecute
y asi ya no requieres el header para andar indicandole que se duerma y vuelva a ejecutar.
Si es una chamba pesada no pienses resolverla como si estuvieras en Web sino como una rutina que hace ese trabajo sin que la parte Web se vea afectada por el funcionamiento y sólo se beneficie de los resultados de dicho proceso.
Saludos