Hola, no se que BD estes usando, pero en Oracle lo haria de esta forma:
Código:
select distinct valor from Tabla
where valor in (Select valor from Table where
CLAVE like '%Seccion1' and R='5' and C='2'
and plantilla='Plantilla a' AND to_date(valor,'yyyy')=to_date('2006','yyyy')
Lo que debes hacer es convertir ese campo a fecha, claro esta, solo te saldrá con aquellos valores que tengan la característica de una fecha (ejemplo: 20/12/2006).
Si usas otras BD, debes ver cual función debes usar para convertir ese campo, por ejemplo, si no me equivoco, en Sql Server es convert, en Mysql, si no me equivoco, es format_date, etc...
Yo lo haría de esa forma.
O también haciendo un substring de los 4 últimos valores.
No hay necesidad de que hagas el último IN.....
Saludos