Hola, no me habia fijado de la primera condición, lo primero que se me ocurre es hacer un UNION:
Código:
select distinct valor from Tabla
where CLAVE like '%Seccion1' and R='5' and C='2'
and plantilla='Plantilla a'
UNION
select distinct valor from Tabla
where CLAVE like '%Seccion1' and R='2' and C='4' and plantilla='Plantilla a' and
substring(valor,7,4)='2006'
Para lo del año, lo hago con substring, espero que te ayude....
Saludos