Si, fue lo primero que pensé pero al pasar el antivirus y no detectar ninguno pensé que el problema era un poco raro.
Al final lo he podido resolver. Os cuento...
El mensaje que aparecía al intentar abrir cualquier programa corresponde al archivo AcSignOpt.exe ubicado en \system32, este archivo viene con el AutoCAD. No sé porqué se ejecutaba este archivo siempre, ya que en los procesos abiertos no había ninguno fuera de lo normal (en modo seguro).
Por probar, renombre el archivo y entonces al intentar abrir algun programa salía un error indicando que faltaba otro archivo (creo que era el rundll32).
Después de comprobar el buen funcionamiento de los discos duros y memoria (por si eso causaba pérdida de archivos) decidí reinstalar/reparar windows. Eso solucionó el problema.
No encontré ni virus ni spyware (bueno con el Spybot habilitó de nuevo el administrador de tareas). También habia algún driver que daba problemas...
De cualquier forma gracias por responder, seguro que tu respuesta puede ser útil para otras ocasiones.
Gracias.