Hola:
 
Aunque la respuesta es probable que se pueda mejorar:  
Código:
 try{
    StringBuffer str = new StringBuffer("1.234,56");
    char [] c = str.substring(0).toCharArray();
    str.delete(0,str.length());
    for(int i=0;i<c.length;i++){
        if(c[i] == '.'){
            c[i] = ',';
        }else if(c[i] == ','){
            c[i] = '.';
        }
        str.append(c[i]);
    }
    System.out.println(str.substring(0));
}catch(Exception e){};