Por mi parte les recomeindo -saber- por lo menos que existe configuración de PHP, de Apache y de todo el software que van a usar en forma independiente pero van a instalar con los paquetes mencionados. Luego llegan los problemas por desconocimiento de esta ..
Por ejemplo .. a la hora de querer usar "SQL Server" .. hay que tener claro que PHP trabaja muchas funcionalidades en forma de "módulos" .. que le llaman "extensiones" que se "habilitan" (en windows). Esto se vé claro cuando uno instala PHP "manualmente".
Un tutorial al respecto:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpmysqlap/
(Aunque instalen PHP con algún "paquete" .. es recomendable "saber" que es lo que hizo dicho pre-instalador)
Un saludo,