No se producen pérdidas de calidad, a ambos archivos se los puede considerar como el equivalente a un .zip . o sea que cuando se los descomprime vuelven a ser lo que eran antes.
Solo por curiosidad, si el motivo de tu pregunta es que realizas estas transformaciones de .ape a wav para crear un CD de audio, te informo que por ejemplo el Nero tiene Plugin para poder mandar la compilación musical directamente en ape o flac o sea no necesitas de hacer las conversiones previas a wav.
Sobre cual de los dos prefiero, personalmente me gusta mas el ape mas que nada por la facilidad de realizar las conversiones que da el "Monkey's Audio" ,
http://www.monkeysaudio.com/