Encontré la solución. Para añadir la cabecera <?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1" ?>
Dim oDom As New DOMDocument 'Objeto contenedor
Dim xmlNode As IXMLDOMNode
Dim cabecera As IXMLDOMProcessingInstruction
Set cabecera = oDom.createProcessingInstruction("xml", " version='1.0' encoding='UTF-8'")
Set xmlNode = oDom.appendChild(cabecera)
