Se trata de que "subas" tu archivo a tu servidor .. dá igual si tu servidor es el mismo que hace de "cliente" o están separados. La técnica es la misma en ambos casos.
Revisa la ducumentación oficial al respecto:
http://www.php.net/manual/es/features.file-upload.php
En muchos casos podrás tomar de $_FILES['nombre_campo_file']['tmp_name'] el archivo para su proceso .. En otros casos primero tendrás que mover el archivo hacia su destino definitivo o temporal, tomarlo de ahí para tus funciones GD y luego si no requieres el archivo, lo eliminas (unlink()).
Un saludo,