he intentado alternar dos colores en las filas de esta consulta pero no puedo

[Erikfrancisco]

Tienes razon sólo corrige el if de esta forma:

Código PHP:

        if ( $contador == 2 )   
{   
   $color = 'otraclase'; // aqui colocas el otro color  
   $contador = 1;   
}  
else 
{ 
   $color = 'textochico'; 
}  
   

Y si aún así no te funciona coloca la variable $contador fuera del while. Suerte