intentaste modificar el buffer del innoDB? generalmente mejora un poco , si tienes el Mysql Administrator en ahí puedes ver el valor del buffer pool size del innodb... porq no pruebas aumentandolo.
Nivardo
P.D. Si quieres saber mas al respecto aca tienes este link
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/innodb.html