En conexiones seguras (lo hagas en PHP, en HTML o en cualquier otro lenguaje) todo tiene que quedar bajo el directorio de tu servidor que te indican que lo que coloquese ahí queda bajo SSL (con acceso
https://)
Todos esos avisos son referentes a que tienes imagenes, css externos, javascript .. script PHP .. etc -fuera- de ese directorio "seguro" de tu servidor ..
Un saludo,