Necesito consejo sobre mejor manera de guardar valores de checkbox

[finikini]

crea un array con los datos del checkbox:

<input type="checkbox" name="variable[]" value="valores" />

luego conviertes en una cadena:

$variable = implode(",",$_POST['variable']);

y lo guardas en la bd, tambien puedes usar en vez de implode, serialize($_POST['variable']); que te crea una cadena con los datos del array y con unserialize() te lo vuelve a convertir en el array y puedes seguir trabjando con el.