Primero que todo contra quien quieres establecer seguridad. Pues puedes controlar desde que alguien cambie sus notas hasta desarrollar un workflow para monitorear los cambios de los registros en el transcurso del tiempo.
Por lo general se tiende a establecer Usuarios/Roles/Permisos. Y dependiendo del rol asignado al usuario que se registre en el sistema podrá ver los distintos menús, dependiendo de los permisos que tenga ese rol. Así se podrá crear por ejemplo el rol "secretaria", que tendrá disponible el menú de ingresar notas, o de matricular, pero no el de cobrar pensiones u otros rubros. Así mismo, el rol "tesorero" tendrá permiso para cobrar pero no para ingresar notas (a lo mucho consultarlas)
Eso es en lo referente a los usuarios normales, a los que no sabes que si logran obtener el password de la base de datos del usuario "root" pueden acceder a la misma, si tuvieran el conocimiento y el acceso al servidor pueden cambiar las notas desde la base.
La seguridad viene acompañada de una estrategia de respaldo de la bd, dependiendo del tipo de negocio, de la base y del numero de usuarios se podría establecer un horario para hacer los backups correspondientes.
Y por último, ahora ya no se habla de la seguridad de la base, sino de la seguridad de la información. De nada me sirve tener usuarios, roles y permisos si el rector manda a imprimir un reporte al que tan solo él tiene acceso y se demora 10 minutos en ir hasta la impresora, y cuando llega el reporte se hizo humo
Por cierto, según Microsoft mas del 70% de los ataques en las seguridades de los sistemas son internos... así que hay que aprender a cuidarse de los de adentro, de aquella secretaria que la despidieron y por pica fue borrandome los datos que más pudo