Si quieres tratar el proceso en "binario" .. te recomiendo leer este mini-tutorial al respecto:
http://www.forosdelweb.com/f18/tutorial-ejemplo-subir-archivos-bd-guardando-bd-binario-127775/
La otra opción es que tu archivo (pdf) quede en el sistema de archivos del servidor en lugar de tu BBDD y campo "blob". Según el "peso" (bytes) de tus "pdf" o archivos en general (dá igual si son imagenes o de otro tipo) así será recomendable usar uno u otro método. A más "peso" del archivo y mayor cantidad .. se hace inviable menejar esos datos sobre un campo "bloB" (en binario) ...
Un saludo,