Formatear Disco

[Choripan]

Hola a todos, les queria hacer una consulta. Tengo una computadora q tiene instalado dos veces el Windows, es decir, un Windows en un disco (c:) y otro Windows distinto y otro disco (d:). Queria saber si le afectaba en algo a la computadora si formateaba uno de estos discos, ya q cada vez q inicio la PC tengo q elegir en q Windows entrar. Y si es posible, si me pueden decir como hacerlo exactamente, ya q tengo miedo de q la maquina no me arranque mas!!!!