A veces .. ciertos caracteres podrían darte algún tipo de problema (caracteres como comas, comillas .. etc ..) intenta usar:
mysql_real_escape_string()
Aplicado a los datos que atacan tu consulta SQL ...
Código PHP:
$sql2 = "insert into folio_cfd (idfolio,folio,fecha,fechaalta) values ($idfolio,'".mysql_real_escape_string($data[0])."','$data[1]',now())";
Un saludo,